Visi IAIN ternate "Menjadi Perguruan Tinggi Islam Berbasis Riset Dalam MengembangkanMasyarakat Islam Kepulauan" sedangkan Visi Pascasarjana IAIN Ternate adalah menjadi Pascasarjana Berbasis Riset Masrakat Islam Kepulauan Untuk Kemajuan Peradapan, selanjutnya visi Program Studi Pendidikan Agama Islam adalah " Menjadi program Studi Pendidikan Islam Berbasis Riset Masyarakat Islam Kepulauan untuk Kemajuan Peradapan.